Sonic está preparado para tener más libertad y Tom y Maddie están de acuerdo en dejarlo solo en cada mientras se van de vacaciones. Pero justo al irse el Dr. Robotnik regresa, esta vez con un nuevo compañero, Knuckles, para buscar una esmeralda que tiene el poder de construir o destruir civilizaciones. Sonic forma equipo con su propio compañero, Tails, y juntos se embarcan en un viaje para encontrar la esmeralda antes de que caiga en las manos equivocadas.